Slovakkia (tolleaegse Tšehhoslovakkia osana) tunnustas Eesti Vabariiki 29. detsembril 1921 ning taastunnustas Eestit 29. augustil 1991.
Suveräänne demokraatlik Slovaki Vabariik loodi 1. jaanuaril 1993 pärast Tšehhi ja Slovaki Liitvabariigi lagunemist. Eesti tunnustas Slovaki Vabariiki 15. jaanuaril 1993. Eesti ja Slovakkia diplomaatilised suhted sõlmiti 30. märtsil 1993.
Eesti Vabariigi esimene suursaadik Slovakkias Toivo Tasa andis volikirja Bratislavas üle 1995. a juunis. 1999–2003 oli Eesti suursaadik Slovakkias Mart Laanemäe, 2003–2009 Katrin Saarsalu-Layachi, 2009–2015 Viinis resideeriv Eve-Külli Kala, 2015–2018 oli Viinis resideeriv Rein Oidekivi, 2018–2022 Viinis resideeriv Toomas Kukk ja 2022-2025 Viinis resideeriv Merle Pajula.
Arti Hilpus andis volikirja Slovaki president Peter Pellegrinile 3. veebruaril 2026.
Täpsemat informatsiooni Eesti ja Slovakkia kahepoolsete suhete kohta leiate Välisministeeriumi kodulehelt.